製袋機のゴムローラーの汚れがシールバーに付着して、ヒートシール部分が汚れてしまう

製袋機に装着されているゴムローラー全てを清掃する事で軽減または改善できると思います。

ゴムローラーの清掃には、溶剤系のものは絶対に使用しないでください。ゴムローラーが固くなったり、劣化したりしますので、溶剤系のものを清掃時に使用しないことで改善できます

印刷した原反を製袋加工を行う場合は、通常は、ヒートシール部分には、印刷インキが無いようにしていることが多いのですが、デザイン・版下などの関係で、印刷部分にヒートシールをする必要が場合は、ヒートシールバーに印刷インキが剥がれて付着し、その付着したインキが製品に転写（付着）することがあります

この場合は、インキを耐熱インキ（処理原反＋処理インキ）にすることで、軽減または改善することができると思います